مدارس علمیه مشکوه (صدر)، همانند سایر مدارس علمیه تحت نظارت و حمایت مرکز مدیریت حوزه قرار گرفت.
حضرت آیت الله محمدی عراقی تولیت موقوفات صدر و ریاست هیات امناء مدارس علمیه مشکوه (صدر)با بیان این مطلب که حسب مصوبه شورای عالی حوزه های علمیه در تاریخ 3/4/1395 مدارس علمیه مشکوه (صدر) همانند سایر مدارس علمیه تحت مدیریت و نظارت مرکز مدیریت حوزه های علمیه قرار می گیرد و طلاب آن از کلیه خدمات و امکانات حوزه نیز برخوردار می شود افزودند: این مصوبه توسط دبیر شورای عالی حوزه های علمیه، حضرت آیت الله استادی در تاریخ 19/4/1395 محضر مدیریت حوزه های علمیه حضرت آیت الله اعرافی ارسال و ایشان نیز در تاریخ 26/4/1395 آن را به معاونت آموزش و امور حوزه ها ابلاغ فرموده اند تا ظرف مدت یک ماه طرح تعامل و نحوه اداره مدارس علمیه مشکوه (صدر) تهیه و نسبت به اجرای آن اقدام شود.